3.2 R no modo de processamento em lote

3.2.1 Linux

Para rodar um script no modo de processamento em lote do através do seguinte comando no terminal Linux:

$ R CMD BATCH opcoes arqentrada arqsaida

Onde: arqentradaé o nome do script (arquivo com a extensão .R) a ser executado; arqsaida é o arquivo (com a extensão .Rout) com as saídas dos comandos executados no R; opcoes é a lista de opções que controlam a execução.

Vamos rodar como exemplo, o script1.R da seção 3.1.5.

$ R CMD BATCH /home/usuario/adar/script1.R

O comando acima, produzirá dois arquivos de saída:

  1. script1.Rout14 criado por default quando o arqsaida não é especificado, e;
  1. arquivo "plot-script1.pdf".

Você pode especificar o nome do arqsaida como desejar. No exemplo abaixo, mostra-se como salvar o arquivo de saída incluindo a data em que ele foi gerado, script1-saida-adatadehoje.log.

$ R CMD BATCH script1.R script1-saida-`date "+%Y%m%d"`.log

Após a execução do último comando, os mesmos arquivos resultantes do comando anterior serão gerados, exceto pelo primeiro (.Rout), que será nomeado script1-saida-20210129.Rout.

Para mais opções do comando R CMD BATCH digite no terminal do Linux R --help.

3.2.2 Windows

A execução no modo de processamento em lote no Windows é feita da mesma forma, porém substituindo R pelo caminho completo ao executável do . Esse caminho pode ser obtido com os códigos:

> r_exe <- file.path((R.home("bin")), "R.exe")
> r_exe
> library(fs)
> fs::path_real(r_exe)
[1] "C:/PROGRA~1/R/R-4.0.3/bin/x64/R.exe"
C:/Program Files/R/R-4.0.3/bin/x64/R.exe

O terminal do Windows é acessível digitando cmd na barra de pesquisa ao lado no meu iniciar e digitando enter. O Prompt de comando (cmd.exe) do SO Windows abrirá e você poderá rodar o script1.R, digitando o comando abaixo com a adequação dos caminhos para os arquivos:

"C:\Program Files\R\R-4.0.2\bin\R.exe" CMD BATCH "C:\Users\usuario\adar\script1.R"

  1. Você pode notar que este arquivo tem o mesmo nome do arqentrada, exceto que a sua extensão foi alterada para .Rout.↩