Apêndice C R Markdown

R Markdown é uma ferramenta de programação literária que combina uma sintaxe de formatação de texto simples (o Markdown) com trechos de códigos R em um documento final em formatos HTML, PDF ou Word. Esta peculiaridade do R Markdown faz dele um elemento chave para pesquisa reproduzível30 e colaborativa.

O R Markdown está disponível no RStudio e sua implementação é baseada nos pacotes knitr e pandoc. A extensão de um arquivo R Markdown é .Rmd. Um texto R Markdown pode ser facilmente criado no RStudio a partir de um template em File ▶ New File ▶ R Markdown. Ao clicar no ícone Knit HTML ou digitar o atalho Ctr+Shift+K é gerado o documento HTML do arquivo .Rmd correspondente.

Os documentos HTML gerados com R Markdown podem ser prontamente disponibilizados na internet por meio do Rpubs31, Github32 e netlify33.

  1. Pesquisa reproduzível é o conceito de divulgar documentos científicos incluindo os dados e os códigos utilizados (além do texto e dos gráficos) para que qualquer pessoa possa reproduzir os resultados e assim aperfeiçoar ou construir novos resultados a partir deles.↩

  2. No RStudio, após gerar o documento HTML clicando em knit, clique em Publish no canto superior direito da aba Viewer e siga os passos apresentados.↩

  3. para publicar no GitHub você precisa criar seu arquivo HTML dentro de um projeto do RStudio usando o git como sistema de versão de controle. Ao gerar o arquivo HTML, na aba Git do painel Environmet, Commit o arquivo gerado e depois Push. O arquivo HTML no GitHub pode ser visualizado https://rawgit.com/nomedousuario/nomedorepositorio/master/nomedoarquivo.html.↩

  4. Para publicar seu documento HTML no netlify coloque-o em uma pasta qualquer, renomeie seu arquivo.html para index.html e arraste a pasta para área pontilhada indicada no site.↩